2012年6月，经教育部、中编办批复，中国科学院研究生院正式更名为中国科学院大学（简称：国科大），并确立了“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”的办学方针。
2014年，国科大经教育部批准开始招收本科生，进行拔尖创新人才培养的积极探索。当年，国科大招收首届本科生332名，分布在数学、物理学、化学、生命科学、材料科学与工程、计算机科学与技术6个专业。招收本科生，标志着国科大形成了以研究生教育为主的完整的高等教育体系，是国科大发展历程中的里程碑。2016年1月4日，中国科学院大学加入“基础学科拔尖学生培养试验计划”。目前，本科生招生已经扩展到9个专业，累计招生1462名。
自2014年，国科大积极推进科教融合基础学院的建立，落实基础学院由高水平研究所承办、教研室建在科研实力最强的实验室、学院领导班子由研究所提名等一系列科教融合举措，最大限度发挥研究所承办国科大基础学院的自主权和办学活力。2016年，继续深化科教融合学院建设，科教融合学院一般由一个高水平的北京地区研究所牵头承办，其他相关研究所参与承办。牵头承办研究所为学院建设的第一责任单位，由其法定代表人任学院院长或常务副院长。
2017年，国科大第七次党委会，审议并原则通过《关于国科大深化科教融合工作的思路和建议》的报告，决定从2017年起，启动实施以人才队伍建设为核心的“科教融合3.0”。在7月28日召开的夏季中国科学院党组扩大会上获得批准。
